Club de biologie synthétique

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  • Heure et durée : Les derniers lundis de chaque mois à 12h00 (EST) sur 1 heure ; 30-40 minutes pour la présentation orale et 10 minutes pour les questions.
  • Les réunions se tiennent dans Anglais.
  • L'enregistrement, comme participant ou comme présentateur, est requis pour tous Rencontre.
Pour tout problème ou question, veuillez contacter l'organisateur de cet événement :
Monsieur. Benjamin Ouellet.

Réunions futures et précédentes

Remarque : les lignes surlignées en « rouge clair » correspondent aux réunions futures.
Remarque : les enregistrements des réunions précédentes sont également disponibles sur le Chaîne YouTube de l'AMSBL (pour les orateurs ayant autorisé la publication de leurs interventions).


Date (J/M/A) Présentateur et sujet
Teresa Garcia-Ybarra Doctorant Projet de recherche 10/25/2021 Ingénierie de la sélénonéine chez des hôtes microbiens à l'aide de la biologie synthétique renvoie faux ; La sélénonéine est un composé organique du sélénium que l'on trouve couramment dans le sang et les tissus de plusieurs espèces marines. Cette molécule présente une activité antioxydante contre les espèces réactives de l'oxygène (ROS) et peut neutraliser la toxicité du mercure et est donc connue pour ses effets protecteurs sur la santé dans de nombreuses maladies humaines. Néanmoins, aucun moyen économiquement viable pour la production de sélénonine n'a encore été établi.
L'objectif de ce projet est de développer des stratégies de biologie synthétique pour concevoir des hôtes microbiens surproducteurs de sélénonine afin de permettre sa purification et sa caractérisation ultérieures. Pour y parvenir, des cycles de test de conception-construction pour l'ingénierie métabolique seront répétés de manière itérative jusqu'à ce que les titres de sélénonine souhaités soient produits, et les effets protecteurs de la santé des souches modifiées seront étudiés chez le poisson zèbre.
Ce projet aboutira au développement de souches modifiées qui pourraient soutenir une production bon marché, renouvelable et évolutive de sélénonéine.
https://abdel-mawgoud.com/wp-content/uploads/fluentform/ff-3d5508d985bc37b10aedb5716de6de52-ff-zSele.png Université Laval – Faculté des sciences et de génieDépartement de biochimie, microbiologie et bioinformatiqueInstitut de biologie intégrative et des systèmes (IBIS)Québec (Québec), Canada Teresa García Ybarra a obtenu une licence en génie agro-industriel à l'Université autonome de Chapingo, une université agricole reconnue au Mexique et en Amérique latine. Puis a terminé une maîtrise en biologie synthétique et biotechnologie à l'Université d'Édimbourg au Royaume-Uni. Son mémoire de maîtrise a été supervisé par le professeur Christopher French (École des sciences biologiques) et portait sur l'application d'approches de biologie synthétique à l'ingénierie d'Escherichia coli pour la production de biocarburants de deuxième génération. Elle a récemment commencé son doctorat en biochimie sous la supervision du professeur Ahmad Saleh, son projet vise à développer des stratégies de biologie synthétique pour concevoir des hôtes microbiens surproducteurs de sélénonine afin de permettre sa purification et sa caractérisation ultérieures et d'étudier les effets protecteurs de la sélénonéine sur la santé. Elle s'intéresse à la biologie synthétique, à la chimie synthétique, à l'ingénierie métabolique et à la biotechnologie, ainsi qu'à leur utilisation pour produire de nouveaux composés pertinents sur le plan industriel.
Benjamin Ouellet Étudiant à la maîtrise Projet de recherche 11/29/2021 Impact de la modulation de l'expression de Cas9 sur l'efficacité de l'édition du génome médiée par CRISPR-Cas9 chez Yarrowia lipolytica renvoie faux ; CRISPR-Cas est un outil puissant pour l'édition du génome. Cet outil a démontré un grand succès dans la manipulation génétique de Yarrowia lipolytica qui a ouvert les portes pour exploiter le potentiel lipogénique de cette levure vers la production d'acides gras polyinsaturés essentiels, de biodiesel et d'autres produits oléochimiques. Pour améliorer l'expression des protéines, un promoteur hybride synthétique composé de huit séquences d'activation en amont fusionnées en tandem au promoteur TEF a été précédemment proposé et est actuellement utilisé pour l'expression de Cas9 dans les protocoles d'édition du génome médiés par CRISPR-Cas9 pour Y. lipolytica. Cependant, les répétitions en tandem sont difficiles à manipuler ou à cloner. Nous rapportons ici une version tronquée du promoteur TEF natif de Y. lipolytica. Nos résultats ont montré que ce TEF tronqué est un promoteur significativement plus fort que UAS1B8-TEF tel qu'estimé à l'aide des gènes rapporteurs GFP. La comparaison de l'édition du génome à l'aide de Cas9 sous les deux promoteurs a révélé que le TEF tronqué conduit à une efficacité de suppression de gène plus élevée. Nous proposons ce nouveau promoteur TEF tronqué pour piloter l'expression de Cas9 afin d'améliorer son expression et donc son efficacité d'édition du génome. De plus, étant plus court, le TEF tronqué est également plus facile à manipuler. https://abdel-mawgoud.com/wp-content/uploads/fluentform/ff-143ae5a61cfe3d32fc1798758cca47c0-ff-AMSBL-SB-club.png Université Laval, Faculté des sciences et de génie, Département de biochimie, microbiologie et bioinformatique, Québec, Canada. - Université Laval, Institut de biologie intégrative et des systèmes, Québec, Canada Benjamin Ouellet est titulaire d'un baccalauréat en biochimie de l'Université Laval. Au cours de son baccalauréat, il s'est joint à l'équipe iGEM de l'Université Laval pour participer au concours international de biologie synthétique de l'iGEM où il a travaillé sur un projet qu'il a initié. Motivé par son intérêt pour la biologie synthétique et les sciences appliquées, il s'est joint à l'équipe du Laboratoire de biologie synthétique Abdel-Mawgoud où il effectue actuellement sa maîtrise sous la direction d'Ahmad Saleh, PhD. Son projet vise à développer une nouvelle plateforme de biosynthèse de biodiesel à l'aide de Yarrowia lipolytica dans le but de produire des biocarburants plus efficaces et plus respectueux de l'environnement.
Bruno Arcand Étudiant à la maîtrise Projet de recherche 1/31/2022 Développement d'outils pour le génie génétique de la production de cellulose bactérienne chez Komagataeibacter renvoie faux ; La cellulose récoltée à partir de plantes est le polymère d'origine biologique le plus courant, et nous l'utilisons déjà largement car c'est un composant important du bois, du coton, du papier et d'autres matériaux. Cependant, la cellulose bactérienne, ou BC, présente des propriétés uniques qui la rendent particulièrement adaptée à une pléthore d'applications, telles que la filtration de l'eau, les bandages de haute qualité et l'optoélectronique. Le BC est produit à l'interface air/milieu des cultures liquides de certaines bactéries, dont le genre Komagataeibacter, et est facilement récolté et traité. Cependant, la production de BC à l'échelle industrielle rencontre des défis importants, tels que les faibles rendements et l'instabilité de la production de cellulose. dans la culture, ce qui se traduit par des coûts de production élevés. De plus, il y a un manque d'outils de biologie moléculaire adaptés pour une utilisation dans les bactéries productrices de BC. Ce projet vise à créer une boîte à outils pour le génie génétique des bactéries productrices de BC et à l'utiliser pour produire une souche optimisée pour la production de BC à l'échelle industrielle en abordant ces défis directement à leur source. Jusqu'à présent, nous avons identifié un squelette plasmidique approprié, plusieurs marqueurs de sélection et leurs cassettes de résistance, et construit un gène synthétique CRISPR-Cas9 optimisé en codons pour une utilisation dans Komagataeibacter. De plus, nous avons produit une bibliothèque de mutants non producteurs de BC de Komagataeibacter rhaeticus iGEM et déchiffré l'un des mécanismes responsables de l'inactivation des gènes responsables de la production de BC. - Université Laval, Faculté des sciences et de génie, Département de biochimie, microbiologie et bioinformatique, Québec, Canada. - Université Laval, Institut de biologie intégrative et systémique, Québec, Canada Bruno Arcand a d'abord obtenu un baccalauréat en microbiologie de l'Université de Sherbrooke. Il a déjà démontré un vif intérêt pour les techniques de transformation génétique telles que CRISPR-Cas9 et leurs nombreuses applications, mais c'est lors des stages qu'il a effectués dans le cadre de son baccalauréat qu'il a attrapé le virus de la biologie synthétique. Il a ensuite rejoint l'équipe du Laboratoire de Biologie Synthétique Abdel-Mawgoud où il réalise un Master en Microbiologie sous la direction du Pr. Ahmad Saleh et Pr. Younes Messaddeq. Son projet vise à produire une boîte à outils pour le génie génétique des bactéries productrices de cellulose et à les utiliser pour concevoir avec succès une souche surproductrice de cellulose.
Meryam Magri Doctorant Article publié 2/28/2022 Identification des producteurs putatifs de rhamnolipides/glycolipides et de leurs transporteurs à l'aide de l'extraction du génome https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590262822000077 Les rhamnolipides (RL) sont des glycolipides microbiens (GL) dotés d'intéressantes bioactivités dépendantes de la structure et de propriétés physicochimiques les qualifiant pour diverses applications médicales et industrielles. La découverte de RL avec des bioactivités et des propriétés plus intéressantes reposait sur un criblage laborieux de nouveaux producteurs de RL isolés de l'environnement, ce qui a entraîné l'identification redondante de producteurs et de structures de RL déjà connus. Nous présentons ici une approche d'exploration du génome qui a abouti à l'identification de 80 espèces productrices de RL (y compris les deux espèces de référence), dont 71 n'avaient jamais été signalées auparavant. Les arbres de distance de leurs enzymes biosynthétiques RL, RhlAB, ont permis l'identification de 11 clades distincts. La validation expérimentale préliminaire utilisant la chromatographie en couche mince sur un producteur de RL/GL non pathogène, Nevskia soli, a confirmé sa production putative de RL. De plus, cette étude a conduit à la découverte du mécanisme de transport putatif RL impliquant 3 protéines transmembranaires dont les gènes codants sont hautement conservés et sont principalement regroupés avec l'un des groupes de gènes biosynthétiques RL dans la plupart des producteurs de RL/GL identifiés dans cette étude. https://abdel-mawgoud.com/wp-content/uploads/fluentform/ff-1b651e411db6303b45714b1ba9a918b5-ff-Graphical-Abstract.png Laboratoire de Biotechnologie Médicale (MedBiotech), Faculté de Médecine et de Pharmacie, Université Mohammed 5 de Rabat Meryam Magri est actuellement doctorante à la Faculté de Médecine et de Pharmacie de l'Université Mohammed 5 de Rabat, Maroc, elle avait une licence en Informatique à l'Université Cadi Ayyad de Marrakech, Maroc et elle avait complété une maîtrise en bioinformatique à la Faculté de Médecine et de Pharmacie de l'Université Mohammed 5 de Rabat, Maroc. Son mémoire de maîtrise a été encadré par le Pr. Abdel-Mawgoud où elle a travaillé sur l'identification de producteurs putatifs de rhamnolipides/glycolipides et de leurs transporteurs à l'aide de différentes approches d'extraction de génomes
Patrick Diep Doctorant Autre 3/28/2022 Dissoudre les silos disciplinaires dans le développement de programmes de premier cycle en biologie synthétique renvoie faux ; La biologie synthétique (ci-après synbio) est de nature interdisciplinaire. Les saveurs de synbio que beaucoup d'entre nous connaissent le mieux sont les épices expérimentales, mathématiques et informatiques, mais il y a plus d'épices sur ce support : sciences sociales, propriété intellectuelle, gouvernance, entrepreneuriat et plus encore. Pour concocter un projet synbio basé sur des principes fondamentaux forts, guidé par des problèmes qui existent dans la société et l'environnement, une équipe de praticiens synbio est nécessaire pour augmenter le niveau de maturité technologique d'une innovation synbio. Qu'il s'agisse d'équipes du concours iGEM, de R&D industrielle, de laboratoires académiques axés sur la recherche translationnelle, de start-ups, etc., nous avons une question au CSBERG : formons-nous les étudiants à faire carrière dans des environnements aussi dynamiques ? Dans cette présentation, nous explorons cette question en discutant d'abord de l'état de l'enseignement de la biologie synthétique du point de vue des étudiants de l'iGEM en 2019 et utilisons ces informations pour ancrer le développement de notre programme d'études pour un cours d'introduction à la synbio destiné au grand public du premier cycle. Deux itérations de données quantitatives / qualitatives pour SYNB1 - Fondamentaux de la biologie synthétique et SYNB2 - Sciences de mise en œuvre de la biologie synthétique seront présentées, et comment ces résultats sont déployés dans notre troisième offre de cours cet été : SYNB3 - Introduction à la biologie synthétique intégrative est élaboré au. Les orientations futures de la recherche sont présentées ainsi que les possibilités de bénévolat avec le CSBERG à l'avenir. Canadian Synthetic Biology Education Research Group, CSBERG - Université de Toronto, Département de génie chimique et de chimie appliquée, BioZone Centre for Bioengineering and Aplies Bioscience Patrick est un candidat senior au doctorat au BioZone Centre for Bioengineering and Applied Bioscience de l'Université de Toronto avec une formation préalable en biochimie et en biologie synthétique à l'Université de Waterloo. Il étudie comment les métalloprotéines interagissent avec les espèces d'ions métalliques dans des solutions complexes dans le but de récupérer le nickel à base de protéines dans les effluents miniers. Il est également co-fondateur de Lyrata, une start-up qui imprime en 3D du sol réutilisable pour les opérations agricoles hydroponiques qui a reçu $200K en fonds de pré-amorçage ; et directeur de programme/fondateur du CSBERG, le Groupe canadien de recherche en éducation en biologie synthétique.
Vivek Moria Professeur Article publié 4/25/2022 Modélisation d'homologie et criblage virtuel de la protéine P à la recherche de nouveaux agents antimélanogènes https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/exd.12549 Une connaissance adéquate du mécanisme moléculaire de la mélanogénèse offre l'opportunité de trouver de nouvelles cibles moléculaires pour la découverte et le développement de nouveaux cosmétiques. Parmi divers gènes, l'OCA2 est essentiel à la bonne synthèse de la mélanine, et la mutation ou la délétion de ce gène conduit à l'albinisme oculocutané de type 2. Ainsi, pour cette étude, le produit de ce gène, la protéine P, a été ciblé dans le recherche de nouveaux inhibiteurs comme agents antimélanogènes. Sur la base d'une recherche de modèles de séquence d'acides aminés et d'une analyse d'homologie, la structure de la protéine a été modélisée. Le rôle de cette protéine a été prédit en tant que transporteur de tyrosine des mélanosomes. Ainsi, la bibliothèque moléculaire a été générée sur la base de l'inhibiteur du transporteur de la tyrosine. Sur la base du score Dock, 20 molécules ont été considérées comme des inhibiteurs putatifs de la protéine P. Parmi ces composés, cinq molécules (composé #1, #4, #8, #13 et #17) se sont révélées assez efficaces comme antimélanogéniques sans présenter de toxicité. D'autres investigations pour établir le mécanisme d'action, les méthodes indirectes telles que le dosage de la tyrosinase, l'analyse de l'eumélanine et de la phéomélanine et l'étude des niveaux d'ARNm étaient en cours. Les résultats des études ont offert une nouvelle piste dans la thérapie antimélanogénique et peuvent être très utiles pour d'autres travaux d'optimisation dans leur développement en tant que nouveaux agents dépigmentants. Département de chirurgie orthopédique, Kangnam Sacred Heart Hospital, Hallym University, School of Medicine, Séoul, République de Corée Le Dr Vivek Morya est un biotechnologiste industriel, il a travaillé dans plusieurs universités et institutions de renommée internationale. Actuellement, il est scientifique en chef au Centre pour l'énergie et la durabilité environnementale, en Inde ; CTO, Centre de recherche sur l'agriculture et la conservation des forêts, Népal ; Chef d'équipe, Kangnam Sacred Heart Hospital, Hallym University, Séoul, Corée du Sud. Il a travaillé, en tant que professeur adjoint, à l'Université Inha, en Corée du Sud, à l'Université d'agriculture, de technologie et des sciences Sam Higginbottom, à Allahabad, en Inde. Il a travaillé comme scientifique en chef chez SS MASER Technology Private Limited, Inde, scientifique chez DST-CPR Govt of India; en tant que chercheur au CSIR-NBRI, CSIR-NIIST, DDU Gorakhpur University, Inde. Le Dr Morya a publié plus de 45 articles de recherche, 12 brevets, 5 chapitres de livre, 28 accessions microbiennes et 2 livres édités (en cours de traitement). Le Dr Morya est également membre du comité de rédaction de diverses revues de renommée internationale.
Franziska Hemmerling Stagiaire postdoctoral/associé Article publié 5/30/2022 Stratégies pour accéder à la nouveauté biosynthétique dans les génomes bactériens pour la découverte de médicaments https://www.nature.com/articles/s41573-022-00414-6 Les bactéries fournissent une riche source de produits naturels avec des applications thérapeutiques potentielles, telles que de nouvelles classes d'antibiotiques ou des médicaments anticancéreux. Le criblage guidé par la bioactivité d'extraits bactériens et la caractérisation des voies de biosynthèse pour la découverte de médicaments sont désormais complétés par la disponibilité de vastes collections (méta)génomiques, plaçant les chercheurs dans l'ère postgénomique des mégadonnées. Les progrès du séquençage de nouvelle génération et la montée en puissance d'outils informatiques puissants fournissent des informations sans précédent sur les taxons inexplorés, les niches écologiques et la «matière noire biosynthétique», révélant des produits naturels divers et chimiquement distincts dans des bactéries jusque-là non étudiées. Dans cette revue, nous discutons de ces sources de nouvelles entités chimiques et des implications pour la découverte de médicaments avec un accent particulier sur les stratégies qui ont émergé ces dernières années pour identifier et accéder à la nouveauté. ETH Zurich, Institut de microbiologie, Zurich, Suisse Depuis 2017, Franziska est chercheuse postdoctorale avec le professeur Jörn Piel à l'Institut de microbiologie de l'ETH Zurich, en Suisse. Elle est motivée par son intérêt pour la découverte de médicaments et l'exploitation d'enzymes biosynthétiques pour la biologie synthétique. Ses principaux sujets de recherche sont l'étude de la nouvelle biochimie dans les voies de biosynthèse trans-AT PKS ainsi que la liaison des groupes de gènes biosynthétiques bactériens à leurs produits naturels marins codés respectifs.
Haitham Elmarakeby Instructeur Article publié 6/27/2022 Apprentissage automatique interprétable pour la découverte dans le domaine du cancer https://www.nature.com/articles/s41586-021-03922-4 Malgré les progrès réalisés dans le traitement du cancer de la prostate, y compris la thérapie de privation d'androgènes, le cancer de la prostate métastatique résistant à la castration (mCRPC) reste largement incurable. Les avancées récentes dans la collecte et le partage de grandes quantités d'enregistrements génomiques de patients atteints d'un cancer de la prostate primaire et métastatique n'ont pas encore été associées aux avancées dans le développement de modèles informatiques pour faire la lumière sur la biologie sous-jacente du mCRPC. Ici, nous avons développé un modèle d'apprentissage en profondeur biologiquement informé (P-NET) qui peut identifier avec précision des échantillons de cancer de la prostate avancé en fonction de leurs profils génomiques. En utilisant une architecture de modèle clairsemée qui code différentes entités biologiques, notamment des gènes, des voies et des processus biologiques, nous avons pu interpréter le modèle d'une manière qui ne correspond pas aux modèles d'apprentissage en profondeur typiques. De manière systématique et impartiale, P-NET a récupéré la biologie connue du mCRPC via la perturbation AR, TP53, RB1 et PTEN, ainsi que des gènes moins attendus tels que MDM4. Nous avons montré expérimentalement que MDM4 médie la résistance à l'enzalutamide, montrant qu'il peut être une cible thérapeutique potentielle. Nous prévoyons que notre modèle sera utile à la fois pour prédire les résultats cliniques des patients atteints de cancer et pour générer des hypothèses biologiques afin de mieux comprendre la biologie sous-jacente du cancer. https://abdel-mawgoud.com/wp-content/uploads/fluentform/ff-c64d43e59c28fd7f0fd76a0e3bd49f62-ff-PNET_inner_arch.jpg Institut du cancer Dana-Farber | École de médecine de Harvard | Broad Institute du MIT et de Harvard Haitham Elmarakeby est instructeur au Dana Farber Cancer Institute et à la Harvard Medical School. Il est également chercheur affilié au Broad Institute du MIT et de Harvard. Ses recherches portent sur l'utilisation de l'apprentissage automatique pour mieux comprendre la progression du cancer et la résistance thérapeutique chez les patients atteints de cancer. Les recherches actuelles d'Elmarakeby se concentrent sur la construction de modèles interprétables pour découvrir de nouveaux marqueurs de résultats cliniques et biologiques dans plusieurs types de cancer, notamment les cancers de la prostate, du sein, du poumon et du mélanome. Elmarakeby a obtenu un BSc du Département des systèmes et de l'informatique de l'Université Al-Azhar au Caire, en Égypte, et son MSc du Département de génie informatique de l'Université du Caire. Il a terminé son doctorat. en informatique à Virginia Tech et a obtenu sa formation postdoctorale au Dana-Farber Cancer Institute.
Muyiwa Adegbaju Doctorant Projet de recherche 7/25/2022 Analyse des interactions entre le glucane, l'eau dikinase et les enzymes de ramification de l'amidon dans la détermination de la structure de l'amidon renvoie faux ; L'amidon est l'un des polymères les plus abondants synthétisés dans la nature et est produit comme glucide de stockage dans tout le règne végétal. C'est le composant le plus vital des organes de stockage dans de nombreuses plantes et c'est un polymère fonctionnel capable de fournir des biomatériaux respectueux de l'environnement. Les propriétés physiques et l'utilité de l'amidon dépendent de nombreux facteurs, y compris la proportion de ses deux composants polyglucanes (amylose et amylopectine) et le degré de substitution du phosphate. Étant donné que l'amidon natif nécessite généralement une modification artificielle, la manipulation du métabolisme de l'amidon pour produire des plantes qui accumulent de l'amidon avec des propriétés améliorées pour l'industrie est depuis longtemps un objectif des biotechnologistes végétaux. Bien que de nombreuses connaissances aient été produites sur les enzymes impliquées dans la biosynthèse de l'amidon, on en sait moins sur la façon dont elles interagissent fonctionnellement les unes avec les autres. De telles connaissances sont essentielles pour aider à la conception rationnelle de la biosynthèse de l'amidon pour la production de cette matière première industrielle respectueuse de l'environnement. Dans ce projet, des plants de pomme de terre transgéniques qui sont simultanément réprimés dans des gènes dont les produits sont le glucane, l'eau dikinase (GWD) et les enzymes de ramification de l'amidon (SBE) ont été fabriqués grâce à la technologie ARNi. Une augmentation de la teneur apparente en amylose a été observée dans l'amidon extrait des tubercules des lignées transgéniques et consécutive aux altérations de la composition de l'amidon, la morphologie des granules, le pouvoir gonflant et la stabilité gel-dégel de l'amidon ont également été altérés. https://abdel-mawgoud.com/wp-content/uploads/fluentform/ff-e00b4eca6f0ecb3a8d6c21f870e81ded-ff-Abstract-graphics.png Institute of Plant Biotechnology, Stellenbosch University, Afrique du SudDepartment of Crop Production, The Federal University of Technology Akure, Nigeria Adegbaju Muyiwa Seyi est doctorant sous la direction du professeur JR Lloyd à l'Institut de biotechnologie végétale de l'Université de Stellenbosch (SU) et soutenu par la bourse de doctorat de la renaissance africaine NRF-TWAS pour la recherche en Afrique du Sud. Sa recherche doctorale (maintenant en attente de présentation orale finale) vise à élucider l'interaction fonctionnelle entre certaines enzymes métaboliques de l'amidon chez Solanum tuberosum L. Il a obtenu M. Agric. Technologie. en 2015 et B. Agric. Technologie. en 2010, tous dans le département de la gestion des cultures, des sols et des ravageurs de l'Université fédérale de technologie d'Akure (FUTA) au Nigeria, où il a également travaillé comme assistant d'enseignement d'avril 2014 à décembre 2015. En janvier 2016, il a accepté le poste de maître de conférences adjoint au département où il a obtenu ses premier et deuxième diplômes et enseigné des cours sur la génétique et la biotechnologie avant le début de ses études à SU en mars 2018. Il est actuellement un passionné de bio-économie et aime beaucoup la recherche dans ce domaine.
Zacharie Morneau Étudiant à la maîtrise Projet de recherche 10/31/2022 Optimisation moyenne pour une production élevée de lipides par Yarrowia lipolytica et Rhodotorula toruloides à l'aide d'une fluorométrie lipidique optimisée à base de rouge de Nil Comme les levures lipogéniques sont de plus en plus exploitées comme bio-usines de produits oléochimiques, la disponibilité de protocoles efficaces pour la détermination et l'optimisation des titres lipidiques dans ces organismes est nécessaire. Dans cette étude, nous avons optimisé un protocole de fluorométrie lipidique rapide, fiable et à haut débit à base de rouge de Nil adapté aux levures oléagineuses et l'avons validé à l'aide de différentes approches, dont la plus importante est l'utilisation de la chromatographie en phase gazeuse couplée à la détection par ionisation de flamme (GC-FID) . Ce protocole a été appliqué pour l'optimisation des concentrations de chlorure d'ammonium et de glycérol pour les titres lipidiques les plus élevés dans Rhodotorula toruloides NRRL Y-6987 et Yarrowia lipolytica W29 en utilisant la conception composite centrale de surface de réponse (CCD). Les concentrations optimales de chlorure d'ammonium et de glycérol sont respectivement de 8,8 et 125 g/L, ce qui permet d'atteindre un rapport C/N d'environ 25 au-dessus duquel la production de lipides diminue rapidement. Les modèles de régression développés et les diagrammes de surface de réponse donnent un aperçu de la sélection rigoureuse du rapport C/N optimal pour une production maximale de lipides Département de biochimie, microbiologie et bioinformatique, Université Laval, Canada | Institut de biologie intégrative et systémique, Université Laval, Canada Je suis actuellement étudiant en Master Biochimie dans le laboratoire de Sylvain Moineau. Mon travail actuel se concentre sur l'étude des interactions des protéines phages avec leurs hôtes en utilisant différentes techniques, y compris l'ingénierie du génome. Au cours de mon baccalauréat, j'ai effectué deux stages d'été, dont l'un avec le professeur Ahmad Saleh. Au cours de ce stage, j'ai travaillé sur le projet que je présente aujourd'hui, qui porte sur une nouvelle méthode de mesure du titre lipidique utilisant un colorant fluorescent rouge de Nil. Ce projet, que nous concluons, s'est terminé par la rédaction d'un article où nous avons utilisé la méthode pour optimiser la composition du milieu pour l'accumulation de lipides chez R. toruloides et Y. lipolytica en utilisant la conception composite centrale.
Sébastien Rodrigue Professeur Projet de recherche 11/28/2022 Ingénierie de la conjugaison bactérienne pour l'édition du microbiome La résistance aux antibiotiques menace notre capacité à traiter les maladies infectieuses, stimulant l'intérêt pour les technologies antimicrobiennes alternatives. L'utilisation de la conjugaison bactérienne pour fournir des systèmes CRISPR-Cas programmés pour éliminer avec précision les bactéries résistantes aux antibiotiques représente une approche prometteuse mais nécessite des taux de transfert d'ADN in situ élevés. Nous avons optimisé l'efficacité de transfert du plasmide conjugatif TP114 en utilisant une évolution accélérée en laboratoire. Nous avons donc généré un puissant véhicule de délivrance conjugative pour CRISPR‐Cas9 qui peut éliminer > 99,91 TP2T d'Escherichia coli résistant aux antibiotiques ciblés dans le microbiote intestinal de la souris en une seule dose. Nous avons ensuite appliqué ce système à un modèle d'infection par Citrobacter rodentium, obtenant une élimination complète dans les quatre jours consécutifs de traitement. Nos résultats suggèrent que les probiotiques modifiés pourraient constituer une alternative intéressante aux antibiotiques dans la prévention ou le traitement des infections et de la dysbiose. https://abdel-mawgoud.com/wp-content/uploads/fluentform/ff-0a99019bbe9d0882923d602165c4e657-ff-msb202110335-abs-0001-m.jpg Département de biologie, Université de Sherbrooke, Québec, Canada Sébastien Rodrigue a complété un doctorat. en biologie à l'Université de Sherbrooke et des études postdoctorales au Massachusetts Institute of Technology (MIT) où il a développé de nouvelles méthodes de séquençage du génome unicellulaire. Il a également développé diverses approches devenues courantes pour les études métagénomiques et dans les projets intégratifs combinant plusieurs types de données omiques. En 2010, il a été recruté au Département de biologie de l'Université de Sherbrooke où ses projets de recherche portent sur la génomique, la biologie des systèmes et la biologie synthétique. Son groupe utilise des techniques innovantes pour le clonage et la transplantation de génomes bactériens complets en utilisant l'organisme quasi minimal Mesoplasma florum comme modèle. Il s'intéresse également aux souches d'Escherichia coli hautement modifiées et à l'ingénierie des probiotiques en tant que souches biothérapeutiques vivantes capables de modifier les populations microbiennes du microbiote intestinal. Le Dr Rodrigue est également co-fondateur et CSO de TATUM biosciences, une société de biotechnologie développant des produits biologiques avancés pour l'oncologie produits par des bactéries programmables.
Saleem Iqbal Stagiaire postdoctoral/associé, Chercheur scientifique Autre 1/30/2023 Thérapie de découverte de médicaments comme en témoigne la pharmacologie des systèmes Contexte : Les approches de médecine systémique ont joué un rôle central dans l'identification de nouveaux réseaux de maladies, en particulier dans la recherche sur les miARN. Il n'est pas étonnant que les miARN soient impliqués dans de multiples conditions cliniques, ce qui nous permet d'établir les hubs et les nœuds pour les modèles de réseau de la maladie d'Alzheimer (MA). La δ-sécrétase, également connue sous le nom d'asparagine endopeptidase (AEP) ou legumain (LGMN), est une cystéine protéase lysosomale qui clive les liaisons peptidiques en C-terminal aux résidus d'asparagine dans la protéine précurseur amyloïde (APP) et tau, médiant l'amyloïde-β et pathologie tau dans la MA. Méthodes : Des réseaux d'interaction protéine-protéine (PPI) de LGMN ou de δ-sécrétase ont été construits à l'aide de la base de données Genemania. Network Analyzer, un plugin Cytoscape, a analysé les propriétés topologiques du réseau LGMN. Les miARN liés à la maladie d'Alzheimer ont été extraits de la HMDD (Human microRNA Disease Database) et l'interaction miARN-gène vérifiée expérimentalement a été obtenue en recherchant miRWalk. Starbase v2.0 et miRanda ont été utilisés pour le criblage des miARN des gènes LGMN. Conclusion : Dans une étude inédite, les miARN régulateurs liés au gène LGMN ont permis d'identifier des TF et des miARN spécifiques à la MA impliqués dans la MA. Nos résultats révèlent le miARN dérégulé : hsa-mir-26b-5p pourrait être utilisé comme biomarqueur dans le diagnostic de la MA. De plus, nos simulations de dynamique moléculaire 200ns ont révélé oprea1 comme médicament identifié et sa stabilité dans la poche de liaison de la δ-sécrétase. https://abdel-mawgoud.com/wp-content/uploads/fluentform/ff-6253a26a57895538eeba8d774bff35a8-ff-Graphical_Abstract_miRNA_Biomarker.png Centre de recherche du CHU et Département de médecine moléculaire, Université Laval, Québec, Canada. Le Dr Saleem Iqbal est récipiendaire d'un prix pour le projet Virologie structurale-SRAS-CoV-2, travaillant actuellement en tant que chercheur postdoctoral principal au Département de médecine moléculaire de l'hôpital Chu de Québec, Canada. Son travail actuel se concentre sur la thérapeutique de découverte de médicaments contre le SRAS-CoV-2. En tant que neuroscientifique, biophysicien, cristallographe et bioinformaticien structurel, il utilise son expertise en repliement des protéines, biologie des systèmes, modélisation moléculaire, conception de ligands, SAR, simulations de dynamique moléculaire pour comprendre et étudier d'importantes maladies humaines telles que la maladie d'Alzheimer, la maladie de Parkinson, le COVID-19. 19 thérapeutique et Cancer à différentes interfaces. Il a été professeur invité à l'École d'éducation et de recherche pharmaceutiques de l'Université Jamia Hamdard et à l'École de biotechnologie de l'Université Bennett. Il a obtenu son doctorat en bioinformatique-cristallographie et biophysique-interdisciplinaire du prestigieux département de biophysique de l'Université de Madras, qui abrite des découvertes pionnières, à savoir la structure triple hélicoïdale du collagène, le célèbre tracé de Ramachandran pour la structure et l'application des protéines. des méthodes de diffusion anormale. Il a travaillé comme associé de recherche pour la thérapeutique du cancer de la prostate au laboratoire de bioinformatique financé par le Département de biotechnologie de l'Inde. Il a également travaillé comme Senior Research Associate au Prestigious Department of Computational and Data Sciences (CDS), Indian Institute of Science, Bangalore., Où sa publication sur la biologie de la sécrétase "Découverte de microARN comme biomarqueurs ciblant les delta sécrétase" est une découverte clé dans la maladie d'Alzheimer. Maladie. Il est récipiendaire de diverses bourses de voyage. Les principaux projets du Dr Saleem Iqbal ont été financés par l'Alzheimer's Association, l'EMBL et les IRSC.
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