Description
Nous détectons et quantifions les acides gras phospholipidiques (PLFA) pour le profilage écologique d'échantillons de sol. Étant donné que les phospholipides se dégradent rapidement lors de la mort cellulaire, les profils de PLFA reflètent… vie La communauté microbienne au moment du prélèvement. Le PLFA total sert donc d'indice quantitatif de la biomasse microbienne viable, tandis que les biomarqueurs individuels permettent de déterminer quels groupes microbiens sont présents et dans quelles proportions.
Nous réalisons :
- Extraction et dérivatisation des PLFA du sol
- Analyse GC-MS/FID
- Rapport sur les profils des communautés microbiennes du sol (Rapport d'écologie microbienne du sol). Cliquez ici pour consulter un exemple de rapport sur l'“ Écologie microbienne des sols ”..
Quelle option devriez-vous commander ?
| Option | Choisissez cette option si |
|---|---|
| Extraction + analyse GC-MS + rapport de profil de sol | Vous envoyez de la terre. C'est le service complet et le choix idéal pour la plupart des clients. |
| Analyse GC-MS + rapport de profil de sol | Vous avez déjà extrait et dérivé vos échantillons et vous envoyez des esters méthyliques d'acides gras dans un solvant, et vous souhaitez obtenir le rapport écologique complet. Solvant et volume : hexane (au moins 1 mL) État requis : FAME FAME should be provided at concentrations in the micromolar to nanomolar range |
Ce que vous recevez
Les concentrations absolues de chaque PLFA identifié, exprimées en nmol g⁻¹ de sol sec, ainsi que les PLFA totaux servant d'indice de biomasse vivante, les sommes des groupes de communautés, et les ratios et indices de diversité calculés (voir ci-dessous) sont fournis. Les données sont présentées sous forme de rapport formaté incluant le tableau de quantification sous-jacent.
Faire demi-tour: environ 2 à 3 semaines à compter de la réception des échantillons. Pour les ensembles d'échantillons plus importants (>50 échantillons), le délai de traitement peut être plus long ; veuillez nous contacter pour vérifier s'il existe une option de traitement express.
Acides gras détectés et quantifiés
- acides gras insaturés (mono et poly)
- Acides gras ramifiés (iso, antéiso et à chaîne moyenne)
- Acides gras cycliques
- Acides gras saturés (C2–C36)
Groupes de communautés microbiennes
Nous résolvons et signalons les groupes suivants :
- Bactéries, réparties en sous-groupes
- Gram positif
- Gram négatif
- Actinomycètes
- Bactéries oxydant les nitrites (NOB)
- Champignons
- Champignons saprophytes
- Champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA)
Chaque biomarqueur que nous présentons est identifié par rapport à un étalon commercial authentifié, vérifié par son temps de rétention et son spectre de masse, et quantifié à l'aide d'un facteur de réponse déterminé. Notre bibliothèque est régulièrement enrichie.
- Bactéries : 15 biomarqueurs PLFA, répartis dans différents sous-groupes bactériens
- Gram positif : 7 biomarqueurs PLFA.
- Gram négatif : 4 biomarqueurs PLFA.
- Actinomycètes : 3 biomarqueurs PLFA.
- Bactéries oxydant les nitrites (NOB) : 1 biomarqueur PLFA.
- Champignons : 3 biomarqueurs
- Champignons saprophytes : 2 biomarqueurs
- Champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA) : 1 biomarqueur
Indices de diversité, ratios écologiques et indicateurs physiologiques
- Indicateur de stress bactérien (acides gras cyclopropaniques et leurs précurseurs mono-insaturés)
- Rapport Gram positif/Gram négatif
- Rapport champignons/bactéries
- Rapport entre les champignons arbusculaires et saprophytes
- Rapport PLFA saturés/insaturés
- Rapport PLFA mono-insaturé/polyinsaturé
- indice de diversité de Shannon-Weaver (H'’)
- L'indice d'équitabilité de Pielou (J'’)
Déclaration d'isomères. Les acides gras cyclopropaniques se présentent sous forme d'isomères chromatographiquement et biologiquement distincts et ne sont pas interchangeables dans les calculs de rapport de stress — cy19:0ω7 (acide lactobacillique, cis-11,12) est formé à partir de 18:1ω7, tandis que cy19:0ω9 (acide dihydrosterculique, cisL'isomère -9,10) est formé à partir de 18:1ω9. De nombreux laboratoires ne font pas la distinction entre les deux. Nous précisons dans chaque rapport l'isomère standard utilisé pour le rapport indiqué, ainsi que le précurseur auquel il est associé, afin que le calcul puisse être cité avec précision dans votre section « Méthodes ».
Exigences d'échantillon
| Quantité | 5–10 g d'équivalent poids sec par échantillon. Prévoir une quantité plus importante pour les sols pauvres en matière organique ou fortement amendés avec des matières minérales. |
| Condition | Congeler ou lyophiliser. Tamiser à 2 mm avant congélation si possible. La conservation à l'état congelé est recommandée pour les PLFA et ne présente aucune difficulté, à condition que les échantillons n'aient pas subi de cycles de congélation-décongélation répétés. |
| Conteneurs | Flacons en verre avec bouchons à revêtement PTFE ou sachets en aluminium. Éviter les plastiques souples et le Parafilm, qui favorisent la contamination lipidique. |
| Expédition | Sur glace carbonique, en quantité suffisante pour toute la durée du transport ; les échantillons ne doivent pas décongeler pendant le transport. Les échantillons lyophilisés peuvent être expédiés à température ambiante. Veuillez nous informer de la date d’expédition à l’avance afin qu’une personne soit présente pour réceptionner le colis. |
Portée de cette analyse
L'analyse PLFA mesure la communauté microbienne vivante et sa composition. Elle ne remplace pas, et nous ne proposons pas en parallèle, les analyses suivantes :
- Carbone et azote de la biomasse microbienne L'extraction par fumigation au chloroforme nécessite un appareillage que nous ne possédons pas. Si votre objectif est de quantifier la réponse de la biomasse microbienne à un traitement, le dosage des PLFA totaux répond directement à cette question et permet d'identifier les groupes microbiens responsables de cette réponse. Le carbone et l'azote de la biomasse sont principalement nécessaires lorsque la biomasse est exprimée en unités de masse d'élément pour un bilan nutritif. Les PLFA totaux et le carbone de la biomasse sont fortement corrélés dans les sols tempérés, avec des facteurs de conversion publiés de l'ordre de 4 µg de carbone de la biomasse par nmol de PLFA totaux. Une correspondance approximative avec les valeurs de carbone de la biomasse microbienne (CBM) publiées est donc possible, le cas échéant. Il est important de noter que la fumigation-extraction requiert un sol humide, maintenu à 4 °C, car les cycles de gel-dégel lysent une partie de la biomasse et faussent les résultats. Les échantillons congelés, adaptés au dosage des PLFA, ne conviennent généralement pas à cette méthode.
- Profilage communautaire basé sur l'ADN ou l'ARN (séquençage d'amplicons, qPCR).
- Respiration du sol, dosages d'activité enzymatique ou analyses de nutriments.
Pour des échantillons plus importants, ou pour discuter de la pertinence de PLFA pour votre protocole d'étude, contactez-nous à l'adresse suivante : ahmad.saleh@bcm.ulaval.ca avant de commander.
